Hola.
Yo también tuve ese problema y he encontrado dos soluciones para que mantenga los vínculos al pasar un archivo word a pdf.
A la hora de guardar como pdf desde "archivo-guardar como" seleccionar formato de archivo "PDF" y marcar "ideal para la distribución electrónica y accesibilidad". El problema de esta opción es que, a veces, cambia la tipografía.
Para mí la mejor solución a este problema es abrir el archivo en OneDrive y una vez abierto ir a "archivo-guardar como" y seleccionar "descargar como PDF", de esta forma funcionan perfectamente los vínculos y no cambia la
